Người yêu đầu tiên của Ngô Thị Huệ là lãnh đạo trực tiếp của bà thời kỳ 1940, Xứ ủy viên Xứ ủy Nam Kỳ, Bí thư tỉnh ủy Hậu Giang. Tuy nhiên ông đã bị thực dân Pháp xử bắn vào năm 1942[4].

Năm 1947 trong chuyến quay trở lại miền Nam công tác, Ngô Thị Huệ quen Nguyễn Văn Linh tức Mười Cúc (khi đó đang là Ủy viên Xứ ủy Nam Bộ), và tới tháng 5 năm 1948 ở tuổi 29 bà cùng ông nên duyên vợ chồng[1]. Tuy nhiên, do hoàn cảnh chiến tranh khốc liệt này và đặc thù công tác của mỗi người, hai ông bà có nhiều năm tháng rất ít được gặp nhau. Năm 1952 ông Mười Cúc được điều ra Bắc nhưng vợ vẫn ở miền Nam. Năm 1954 ông vào Nam nhưng ông bà mỗi người một nhiệm vụ nên chẳng gặp nhau được bao ngày. Năm 1959 bà mang ba người con ra Hà Nội nhận công tác, ông ở miền Nam hoạt động và lãnh đạo Thành ủy Sài Gòn-Gia Định. Khi đất nước thống nhất năm 1975, bà vẫn chưa được về Nam gặp chồng ngay, và phải sau chuyến đi chữa bệnh 4 tháng ở Đức về mới có cơ hội được vào thành phố Hồ Chí Minh sinh sống cùng chồng con. Họ đã chịu cảnh chồng Nam vợ Bắc xa cách nhau đúng 15 năm[13].

Hai ông bà có ba người con: hai gái (Nguyễn Thị Hòa, Nguyễn Thị Bình) và một trai (Nguyễn Hùng Linh[14], có tài liệu ghi Nguyễn Văn Linh). Ngày tiễn vợ con ra Bắc nhận công tác, do bé Linh mới 18 tháng tuổi, để luôn nhớ đến con nên chồng bà đã lấy tên "Linh" làm bí danh hoạt động của mình từ đó[14] (có tài liệu ghi do không được ở bên con khi con chào đời tại Campuchia, nên chồng bà lấy tên con làm bí danh[1]). Người con trai út của ông bà qua đời khi còn trẻ, những năm sau 1975, khi ông bà vừa được về với nhau chưa lâu. Hiện bà sống với gia đình người con gái thứ hai và các cháu trong khuôn viên nhà cũ tại thành phố Hồ Chí Minh.

[15]==Vinh danh==Với quá trình hoạt động cách mạng và cống hiến của mình, Ngô Thị Huệ đã được Nhà nước Việt Nam, Đảng Cộng sản Việt Nam trao tặng nhiều huân chương, huy chương kháng chiến các loại. Bà cùng 5 nữ cán bộ cách mạng lão thành trong Tổ Sử phụ nữ Nam Bộ được phong tặng Huân chương lao động hạng nhất vào năm 1997. Đặc biệt, nhân kỷ niệm 82 năm Ngày Thành lập Đảng Cộng sản Việt Nam (3/2/1930–3/2/2012), bà được trao tặng Huy hiệu 75 năm tuổi Đảng và Huân chương Hồ Chí Minh[13].

Chiều ngày 18 tháng 5 năm 2020, bà được trao tặng huy hiệu 85 năm tuổi Đảng Cộng sản Việt Nam.[16]

Ngô Thị Huệ có một bức tượng bán thân được trưng bày tại Bảo tàng Phụ nữ Nam Bộ, nơi bà là một trong những người sáng lập nên. Trưng bày tượng của người còn sống, theo lời bà Nguyễn Thị Thắm giám đốc bảo tàng, là việc hi hữu tại bảo tàng này[17]; và trong bộ sưu tập chân dung những người phụ nữ nổi tiếng của Việt Nam qua các thời đại mà bảo tàng đang sưu tầm để trưng bày phục vụ kỷ niệm 40 năm thống nhất đất nước (1975-2015), bức tượng này là hiện vật đầu tiên[18]. Tượng được làm bằng chất liệu đồng, cao 50 cm, do nữ điêu khắc gia Kim Thanh thực hiện từ cuối năm 2010 theo yêu cầu của bà Trần Thu Hồng, một nữ cựu tù chính trị vốn được bà Ngô Thị Huệ dìu dắt và coi bà Ngô Thị Huệ như thần tượng. Trước khi hiến tặng cho bảo tàng, bức tượng được đặt trang trọng tại tư gia của bà Ngô Thị Hồng, cùng tượng của nhiều danh nhân, văn nghệ sĩ nổi tiếng khác.